第一个渊源：源于官职，出自秦、汉朝时期秘祝之官，属于以官职称谓为氏。

据史籍《姓氏考略》记载：“汉有秘祝之官，以官为氏，望出天水。其后裔以官名秘为姓。”

秦朝以来有所谓“秘祝”之官，最早由战国末期秦国宰父吕不韦秘密创立，以维护秦始皇嬴政的功德尊严，汉朝时期沿袭之。

“秘祝”的主要任务是，凡当有帝王国君有不详的灾难、祸事、过错等发生，就将其移过于指定的臣子名下，由该臣子承担灾过，这个过程称为“秘祝”。其职能，类似于战国初、中期的各诸侯国宫廷卜师或太史令“行褂”。不过，卜师或太史令是公开“行褂占卜”、祈算福祸，而“秘祝”则是当已发生灾祸或有灾祸苗头时，或氏在帝王国君有过错时，将其秘密地转嫁给臣子或民众。当然，“秘祝”有时也有在帝王的旨意下将祥福之事秘密转移给亲信臣子之事，但毕竟极少。

“秘祝”之官由王族贵胄或帝王极其亲信之人担当，仅对帝王一人负责，多为世袭，权势极大。汉文帝刘恒对此官职曾深感痛恶，他在汉前元十三年(公元前166年)下诏，废除了“秘祝”之官职，并且对众大臣声明：“即便是百官的错误和罪过，也要由皇帝来负责!”由此，开启了汉王朝“文景之治”的宏伟篇章，为后来的汉武帝创建雄居东方的大汉帝国奠定了基础。

“秘祝”的后裔以其官职之称为姓氏，以念先族威赫，世代相传，称秘氏。

第二个渊源：源于姜姓，出自十六国时期陇西南安郡古西羌豪族，属于汉化改姓为氏。

著名汉朝史学家范晔在《后汉书》中记载：“西羌之本，出自三苗，姜姓之别也。其国近南岳。”又据史籍《西秦录》记载，“秘姓为西羌姓，出南安郡西羌豪门，其首领秘宜曾帅诸羌胡五万余人归降于西秦国。”

公元385年11月，代镇使持节、都督讨西胡诸军事、镇西将军乞伏国仁，在苑川河畔建立了西秦国，东征西讨，使西秦国雄傲一时，位于南安郡(今甘肃陇西)的西羌族豪门首领秘宜，将所统部族归附于乞伏氏所建西秦国。这部分西羌族人的后裔中，有人取其氏族首领“秘宜”的汉字谐音为姓氏，称秘氏。

南安郡：西汉时期置县，治所在狄道(今甘肃陇西)。东汉中平五年(公元188年)分汉阳郡再置郡，治所亦在狄道(今甘肃陇西渭水南岸)，其时辖地在甘肃陇西县东部及定西、武山县一带地区。南北朝时期的梁国天监年间(公元502～519年)亦置南安郡，其时辖地在今甘肃省西部各县，为全省三郡之一，辖兴、泉、漳三地。隋朝开皇九年(公元589年)改郡为县。

天水郡：西汉元鼎三年(公元前441年)置郡，治所在平襄(今甘肃通渭)，其时辖地在今甘肃省通渭县、秦安县、定西县、清水县、庄浪县、甘谷县、张家川县及天水市西北部、陇西东部、榆中东北部地一带地区。东汉永平十七年(公元74年)改为汉阳郡。三国时期曹魏仍改为天水郡。西晋时期移治到上邽(今甘肃天水)，北魏时期仍改回为天水郡，其时辖地在今甘肃省天水市、秦安县、甘谷县等市县一带地区。