A、通过生物的细胞色素C的差异的比较，表明亲缘关系越近的生物，细胞色素C的差异越小．所以说研究生物的细胞色素C，可以断定生物之间的亲缘关系，并能推断生物进化的顺序．故A错误； 　　B、具有同源器官的动物只能说明生物亲缘关系的远近而不能得知生物进化的历程；化石是研究生物进化最重要的、比较全面的证据，为生物进化提供了最直接的证据是化石．故B错误； 　　C、越早形成的地层里，形成化石的生物越简单越低等，越晚形成的地层里，形成化石的生物越复杂越高等，故C错误； 　　D、科学家认为始祖鸟和中华龙鸟等是由爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，因此，中华龙鸟等过渡类型的化石，揭示了不同生物之间的进化关系．故D正确． 　　故选：D．