标记基因是一种已知功能或已知序列的基因,能够起着特异性标记的作用.大肠杆菌的某种质粒具有青霉素抗性基因（该基因可以认为是标记基因）,当这种质粒与外源DNA组合在一起形成重组质粒,并被转入受体细胞后,就可以根据受体细胞是否具有青霉素抗性来判断受体细胞是否获得了目的基因.当人们用选择培养基（比如含有青霉素的培养基）,来培养受体细胞时,能够在培养基中存活下来的受体细胞就可以认为是成功的导入了外源DNA,标记基因就起作用了.以上的抗性基因只是标记基因的一种,还有一种是可以使产物具有颜色反应的基因.这些标记基因一般都是从某些生物体内获取的.