问题标题:
SDS裂解DNA时,加入TE的浓度是多少?有影响么?
问题描述:
SDS裂解DNA时,加入TE的浓度是多少?有影响么?
陈立国回答:
提取基因组DNA和细胞核DNA是不同的方法
提取细胞核要先把细胞破碎分离出细胞核,要在甘油或其他保护剂中进行
SDS十二烷基磺酸钠:可破坏细胞膜、核膜,并使组织蛋白与DNA分离
CATB是一种抽提液,破坏细胞膜的~具体忘了~
DNA不溶于异丙醇,异丙醇可以析出DNA,产生白色絮状沉淀,用枪头挑出就可以了
以下是一些具体方法,希望有用
基因组DNA提取方法
制备基因组DNA是进行基因结构和功能研究的重要步骤,通常要求得到的片段的长度不小于100-200kb.在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素,以保证DNA的完整性,为后续的实验打下基础.主要是CTAB方法,其他的方法还有1物理方式:玻璃珠法,超声波法,研磨法,冻融法.2化学方式:异硫氰酸胍法,碱裂解法3生物方式:酶法.根据核酸分离纯化方式的不同有:硅质材料、阴离子交换树脂等
试验步骤:
1、贴壁细胞用胰酶消化,离心收集.
2、细胞重悬于冰冷的PBS漂洗一次,离心收集.试验步骤2再重新作一边.
3、加入5mlDNA提取缓冲液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,o.5%SDS),混匀.
4、加入25ul蛋白酶K,使终浓度达到100ug/ml,混匀,50℃水浴3h,
5、用等体积的酚抽提一次,2500rpm离心收集水相,用等体积的(酚,氯仿,异戊醇)混合物抽提一次,2500r/min离心收集水相
6、用等体积的氯仿,异戊醇抽提一次.加入等体积的5mol/L的LiCL,混匀,冰浴,10min..
7、2500rpm离心10min.转上清于一离心管中.加入等体积的异丙醇.室温10min.
2500rpm,离心10min.弃上清.
8、加入0.1倍体积3mol/L乙酸钠(PH5.2)与2倍体积-20℃预冷无水乙醇.-20℃20min.
9、12000r/min,室温离心5min.弃上清.将DNA溶于适量TE中.
外周血DNA提取技术
分离外周血白细胞提取方法:
试验步骤:
1、取人肘静脉血5ml,EDTA抗凝,2500rpm离心10min.
2、小心吸取上层血浆,分装到3个0.5ml离心管中.
3、在血细胞中加入3倍体积的溶血液,摇匀,冰浴15min.
4、2500rpm离心10min,弃上清.
5、加入10ml溶血液,摇匀,冰浴15min.
6、3000rpm离心10min,弃上清.
7、倒置离心管,去掉残液.
8、得白细胞,-80?C冻存.
试验要求:
血至分离白细胞之间隔时间在室温下放置不超过2h,4℃放置不超过5h,以防白细胞自溶.
氯仿法抽提外周血白细胞基因组DNA:
试验试剂:
Ligsisbuffer:
133mMNH4ClNHCl7.12g0.9mMNH4HCO3NH4HCO30.071g0.1mMEDTA0.5mMEDTA0.2ml;最后加灭菌去离子水至1000ml,高压灭菌.
ACD抗凝剂:柠檬酸1.68g柠檬酸钠4.62g葡萄糖5.15g;最后加灭菌去离子水至350ml,高压灭菌.
提取缓冲液(Extractionbuffer):
10mMTrisCl(PH=8.0)1MTris.Cl(PH=8.0)1ml0.1mMEDTA(PH=8.0)0.5mMEDTA(PH=8.0)20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加灭菌去离子水至100ml,高压灭菌
试验步骤:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分颠混至清亮.以4000rpm,离心5min.弃上清液.
2、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分匀浆.以6000rpm,离心5min.
3、彻底弃去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解细胞),混匀置于37℃,水溶1h.
4、加入8μl的蛋白酶K,颠混,37℃过夜(或55℃,3h,但是37℃效果要好些).
5、每管加入450μl饱和酚(取溶液下层)缓慢摇晃10min,以5500rpm,离心15min.
6、取上清,每管加入250μl饱和酚和250μl氯仿-异戊醇,摇匀10min,以5500rpm,离心15min.
7、取上清,每管加入500μl氯仿-异戊醇,摇匀10min,以5500rpm,离心15min.
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,适量无水乙醇(预冷)至满,摇匀放入-20℃保存2h以上.
9、以12000rpm,离心20min.去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,离心5min,去上清,50-60℃干燥.
10、加入50μl灭菌去离子水,转弹,混匀.
NaI提取法提取外周血白细胞基因组:
实验步骤:
1、取外周抗凝血(全血)100ul于eppendorf管中,12000rpm离心12min.
2、弃上清,加双蒸水200ul溶解,摇匀20s.
3、混匀后加6MNaI溶液200ul,摇匀20s.
4、加入氯仿/异戊醇(24:1)400ul,边加边摇,摇匀20s,12000rpm离心12min.
5、取上层液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍体积异丙醇,摇匀20s,室温放置15min,静置后的反应体系15000rpm离心12min,使沉淀紧贴eppendorf管壁.
6、弃异丙醇,加70%乙醇1ml(不振动),以15000rpm离心12min.
7、弃乙醇,敞开eppendorf管盖,烘干(37℃恒温箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上,制成的DNA液-20℃冰箱保存备用.
常用的外周血白细胞基因提取方法:
试验原理:
苯酚/氯仿提取DNA是利用酚是蛋白质的变性剂,反复抽提,使蛋白质变性,SDS(十二烷基磺酸钠)将细胞膜裂解,在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白质或多肽或小肽分子,核蛋白变性降解,使DNA从核蛋白中游离出来.DNA易溶于水,不溶于有机溶剂.
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