海绵的结构与机能的原始性,很多与原生动物相似,其体内又具有与原生动物领鞭毛虫相同的领细胞,因此过去有人认为它是与领鞭毛虫有关的群体原生动物.但是海绵在个体发育中有胚层存在,而且海绵动物的细胞不能像原生动物那样无限制地生存下去,因此肯定海绵是属于多细胞动物.近年来生化研究证明,海绵动物体内具有与其他多细胞动物大致相同的核酸和氨基酸,更加证明了这一点.但海绵的胚胎发育又与其他多细胞动物不同,有逆转现象,又有水沟系、发达的领细胞、骨针等特殊结构,这说明海绵动物发展的道路与其他多细胞动物不同,所以认为它是很早由原始的群体领鞭毛虫发展来的一个侧支,因而称为侧生动物.