1.细胞核有无.真核生物有双层膜包围的细胞核,原核生物只有DNA分子集中的核区或称拟核,无膜包裹. 　　2.细胞壁成分.真核生物有以纤维素和果胶质为主的细胞壁（植物）,以葡聚糖和甘露聚糖为主的细胞壁（酵母）,以几丁质为主的细胞壁（多细胞真菌）或无细胞壁（动物、黏菌）,原核生物有肽聚糖为主的细胞壁（细菌、放线菌）或无细胞壁（支原体）. 　　3.细胞膜成分.真核生物细胞膜含固醇,原核生物除支原体外细胞膜中均无固醇. 　　4.DNA形态.真核生物基因组DNA为线性,分裂间期为30nm螺线管,分裂期高度盘绕成染色体.原核生物基因组为一高度盘绕的环状超螺旋DNA. 　　5.DNA结合蛋白.真核生物DNA与组蛋白结合,形成核小体结构.原核生物DNA裸露. 　　6.基因结构.真核生物基因中存在大量内含子等非编码区.原核生物无. 　　7.基因表达.真核生物的RNA转录本为单顺反子,必须经过加工切除内含子,成为mRNA进入胞质后才能翻译.原核生物的RNA转录本直接作为mRNA,为多顺反子,可以边转录边翻译. 　　8.蛋白质修饰.真核生物的蛋白存在糖基化修饰.原核生物无. 　　9.细胞质基质形态.真核生物细胞质基质中有细胞骨架,能流动.原核生物基质无细胞骨架,不流动. 　　10.细胞器形态.真核生物细胞有多种以单位膜包裹的细胞器,有复杂的内膜系统（内质网、高尔基体等）.原核生物只有核糖体一种细胞器,无内膜系统. 　　11.细胞分裂方式.真核生物为有丝分裂、减数分裂和无丝分裂.原核生物为简单二分裂. 　　12.细胞分化.真核生物除单细胞和少数多细胞群体外均有.原核生物均无,全部为单细胞或群体. 　　12.有性生殖.真核生物绝大部分行有性生殖.原核生物无.