A、生物的遗传、变异和环境因素的共同作用导致了生物进化，A正确； 　　B、“始祖鸟”的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，B错误； 　　C、在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，但不是唯一证据，此外还有比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据，C正确； 　　D、生物进化论与自然选择学说，是生物学最基本的理论之一，是指生物在变异、遗传与自然选择作用下的演变发展、物种淘汰和物种产生过程，生物进化论最早是由达尔文提出的，是达尔文以“自然选择学说”为核心的生物进化理论，D正确． 　　故选：B．