当甲基绿与派洛宁作为混合染料时,甲基绿与染色质中DNA选择性结合显示绿色或蓝色；派洛宁与核仁、细胞质中的RNA选择性结合显示红色.其原因可能是两种染料的混合染液中有竞争作用,同时两种核酸分子都是多聚体,而其聚合程度有所不同.甲基绿易与聚合程度高的DNA结合呈现绿色.而派洛宁则与聚合程度较低的RNA结合呈现红色（但解聚的DNA也能和派洛宁结合呈现红色）.即RNA对派洛宁亲和力大,被染成红色,而DNA对甲基绿亲和力大,被染成绿色.