人口自然增长率=人口出生率-人口死亡率，因此1990年全国的人口自然增长率=21.1%-6.7%=13.4%，某省的人口自然增长率=18.1%-6.4%=11.7%；1995年全国的人口自然增长率=17.1%-6.6%=10.5%，某省的人口自然增长率=13.2%-5.3%=7.9%；2000年全国的人口自然增长率=14.0%-6.5%=7.5%，某省的人口自然增长率=9.4%-5.5%=3.9%；2010年全国的人口自然增长率=11.9%-7.1%=4.8%，某省的人口自然增长率=7.4%-5.0%=2.4%；因此2000年该省人口自然增长率与全国同期相比差异最大． 　　故选：C．