新一代（第二代）测序技术的测序原理是“边合成边测序”. 　　先把基因组打断成100kb左右的小片段,每个片段单独测序,测完以后依靠大型计算机进行拼接,所以新一代测序仪测序简单,难在拼接. 　　测序时,以待测DNA片段为模板,进行互补链的合成,每延伸一个碱基就进行一次激光扫描,读出是哪种碱基（四种碱基事先进行不同标记,在激光下呈现不同颜色）,很方便地就完成了测序. 　　高通量体现在一次上机能测的样本数,第一代测序仪一次上机仅能测96个样本,第二代测序仪一次上机能测数万个样本. 　　操作简单体现在机器自动化. 　　新一代测序的意义,是实现了高通量、低成本、快速、操作简便,为开展大规模物种测序及人类基因组研究提供了可能.

　　难怎样准确的拼接？样本量不太大（

　　难以拼接是因为样本打断得太小了。像人类基因组大小是3G，打断成100kb，相当于是打成了3万个片段，用3万个片段去拼出一个完整的人类基因组，计算量及复杂程度可想而知。样本量很小的时候二代测序没有任何优势，反而会成本很高。二代测序的最突出优势就是高通量，只有很多样本批量上机时，成本才能降下来。一代测序就显得很灵活，样本量多少不会牵涉到成本。