问题标题：
【元朝设置___（机构）加强对西藏的管辖；清朝前期设置___（机构）管辖整个新疆地区。】
问题描述：
元朝设置___（机构）加强对西藏的管辖；清朝前期设置___（机构）管辖整个新疆地区。
李世环回答：
根据所学知识可知：元朝实行行省制，加强对地方的管理，另外由设在中央的宣政院管辖西藏，西藏成为我国正式的行政区，乾隆帝时，回部大小和卓发动反清叛乱，经过两年战斗，平定了大小和卓分裂祖国的叛乱．乾隆帝粉碎回部大小和卓叛乱后，设置伊犁将军，管辖巴尔喀什湖在内的整个新疆地区．
故答案为：
宣政院，伊犁将军．
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