D【解析】试题分析：该实验的自变量包括植物种类、植物器官、光的颜色，不包括温度，故A错；容器2和容器4的植物种类、光的颜色不同，存在两个自变量，不能用来研究不同颜色的光对光合作用的影响，故B错；该实验测得的数据是实际光合作用速率与呼吸作用速率的差值，不同植物呼吸作用速率不同，无法比较实际光合作用速率的大小，故C错；容器3的植物材料时天竺葵的根，跟细胞只能进行呼吸作用，不能进行光合作用，测得的数值为呼吸作用耗氧量，容器5中的植物材料时紫罗兰的叶，既可进行光合作用又可进行呼吸作用，所得实验数据表示净光合作用强度，两者生物学含义不同，故D正确。考点：本题主要考查光合作用和呼吸作用过程，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构的能力。