A、化石都是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），可反映出古生物的某些形态结构，但是不能证明化石是生物的祖先，A错误； 　　B、各类生物化石在地层中出现有一定顺序，在越晚近的地层中成为化石的生物越复杂，越高等，是生物化石能证明生物进化的根本原因，B正确． 　　C、地壳岩石形成有一定的顺序，但不是生物化石之所以能证明生物的进化的原因，C错误； 　　D、化石是保存在地层中的生物遗体或生活痕迹，不是生物化石能证明生物进化的根本原因，D错误； 　　故选：B