反应式 　　Acetyl-CoA+3NAD+FAD+GDP+Pi+2H2O→CoA-SH+3NADH+2H+FADH2+GTP+2CO2 　　原理 　　两个碳原子以CO2的形式离开循环.循环最后草酰乙酸会再次生成,再次从乙酰辅酶A中得到两个碳原子.就是说,一分子六碳化合物（柠檬酸）经过多部反应分解成一分子四碳化合物（草酰乙酸）.草酰乙酸会在接下来的反应中遵循同样的途径获得两个碳原子,再次成为柠檬酸. 　　能量会在接下来的其中一步反应里以GTP的形式释放（和ATP一样,是细胞的能量货币）.但是循环中生成的氢载体（NADH+HandFADH2）将会在细胞呼吸链里释放更多的能量,这也正是细胞呼吸的主要目的.柠檬酸循环的前提是,早先进行的糖酵解等过程能提供足够的活化乙酸,以乙酰辅酶A的形式出现在循环.NADH+H和FADH2是辅酶,它们能携带质子和电子,并在需要的时候释放它们. 　　循环中产生的总能量为一分子ATP（准确来说是：GTP）,而细胞呼吸的全部四步反应（包括呼吸链中的内呼吸）,一个葡萄糖分子则产生38分子的ATP.(38的数目是理想化化学计算的结果,实测此数字约为32,如进行苹果酸穿梭则再-2.（32或30）) 　　以上计算结果（32或30个ATP）是按照最新的研究成果：一个FADH2可以产生1.5个ATP,一个NADH2可以产生2.5个ATP.