从薛定谔方程计算出来的原子波函数是一种复函数,有正负号之分.波函数本身没有明确的物理意义,但是它的平方（与其共轭之积）具有物理意义,表示一种几率密度函数（波恩定义）. 　　在用这种原子波函数（轨道）进行线性组合形成分子轨道（波函数）时,原子波函数的正负号也就自然而然的带进来了.在进行组合时,正负号会被用来表示了一种原子轨道的“同相位组合”（in-phase),或“反相位组合”（out-phase).一旦分子轨道形成,这种正负号就没有什么意义了.（而且,波瓣符号正负号是相对的.）