A、染色体中DNA的一个碱基对缺失，能引起基因结构的改变，属于基因突变，A错误； 　　B、将人类胰岛素基因与大肠杆菌DNA分子拼接，利用细菌发酵生产人类胰岛素，利用的是基因工程技术，原理是基因重组，B错误； 　　C、果蝇第Ⅱ号染色体上的片段与Ⅲ号染色体上的片段发生交换，发生在非同源染色体之间，属于染色体结构变异中的易位，C正确； 　　D、同源染色体的非姐妹染色单体之间交叉互换，发生在减数第一次分裂的四分体时期，属于基因重组，D错误． 　　故选：C．