A．由同种元素组成的物质，不一定是纯净物，例如，石墨与金刚石混合在一起，由碳元素组成，属于混合物，故错误； 　　B．只有一种原子构成的物质不一定是纯净物，如金刚石和石墨都是由碳原子构成的，它们组成的物质属于混合物，故错误； 　　C．对于离子化合物来说，一种阳离子和一种阴离子只能得到一种物质（电荷守恒），当阴、阳离子个数比不同时，其组成物质的种类可能是多种，如FeCl3与FeCl2，故错误． 　　D．由同种分子构成的物质，物质的组成种类只有一种，属于纯净物，故正确； 　　故选：D．