大约７０００万年前，长江的源头仅仅在巫山东麓。那时的巫山，好像一堵坚实的大坝，把四川盆地东侧紧紧堵截。巫山西麓的水流，就像青海的倒淌河，向西流进四川古湖里。后来，亚洲大陆上发生了一次地质史上称为燕山运动的地壳运动，在川鄂边界上形成了东西向的大巴山，也形成了东北西南向的巫山。大巴山与巫山相接的地方形成一个东西向的低凹地带。古金沙江的水流溢满四川古湖后，就沿这个低凹地带泄流。流水不断冲刷地面，沟壑年复一年的扩大，不断加深，延长，终于将巫山切割出一条通道，从而形成三峡。