荷花的种球由圆球狀至圆锥状的球茎( 或称根茎)，及著生于球茎基部的贮藏根( 或称营养球) 所組成，一个球茎可著生1-6 个不等的贮藏根。球茎上有二排对生的芽，但春季种植后一球茎通常仅萌一个第一代芽；新芽萌芽后，叶片展开3-5片时，开始抽出花序，随后花序发育，花梗抽长并开花。在露天栽培下，切花长度约40-60 公分，遮阴处理则可达70 公分以上。

荷花的叶片为长椭圆形，中肋紫红色，在露天栽培下，平均叶片长度约为30公分宽度约5 公分，一般比花茎短。但在遮阴栽培下，叶片较为狭长，长宽可达45公分，有时甚或比花茎还长。在田间栽培時，上午10 时以后，因日照强度增加，温度升高，叶片常会因失水而有反卷现象。

荷花的花序为穗状花序，花梗上端有7-9 片半圆状绿色苞片，接著为9-12片彩鲜明的阔卵形粉红色苞片，这些粉红色的苞片形状似荷花的花冠，是主要观赏的部位。目前栽培品种的粉红色苞片尖端带有绿色斑点，是其特色也是他的缺点。

荷花真正的小花着生在花序下半部苞片內，每片苞片着生4 朵小花。小花为唇状花冠，具3 片外花瓣，及3 片內花瓣；其中一枚內花瓣为紫色唇瓣，而且唇瓣中央漏斗状的部位为黃色。

荷花新芽在顶芽花芽分化、开花的同时，茎基部逐渐肥大，形成圆球状至圆锥状的新球茎。新球茎的基部直根状的营养根的根尖，则在入秋后逐渐肥大形成球状的贮藏根，而形成新的种球。