阳光明媚的一天，菜问背着书包去植物小学上学。

到了学校之后，他目瞪口呆。只见学校的楼房破烂不堪、地面坑坑洼洼、火焰还在燃烧着菜问和伙伴们辛辛苦苦种的花草树木。菜问心急如焚，急忙搬开石块，看看有没有幸存的人，他找到了火炬树桩和一只从来没有见过的动物，还有昏迷不醒的豌豆射手、坚果和红针花，就找不到其他人了。火炬树桩告诉菜问其他人都被僵尸博士的黑暗机械龙抓走了，那个他从未见过的生物是一条传说中的小烛龙。

第二天，菜问把他的朋友们叫醒后，便拿起火炬树桩给的装备和伙伴们走了，还带上了小烛龙。他们走到一个山谷里，发现了一群僵尸守卫。正当他们讨论如何对付僵尸时，僵尸守卫发现了他们，拿起武器直向菜问等人冲来。菜问等人想都不想就投入了战斗，坚果从山上滚下来撞倒了许多僵尸，菜问用功夫把几十个僵尸打得屁滚尿流，豌豆射手用子弹在僵尸群里一个扫射，就射倒了好几个僵尸，红针花用针把僵尸们打得嗷嗷直叫。可是，由于僵尸实在太多了，当他们快要撑不住的时候，小烛龙从山上飞了下来，吐出一团烈火，将僵尸们烧得魂飞魄散、落荒而逃。

菜问等人刚来到僵尸博士的城堡门前，忽然，一声巨响，只见僵尸博士驾驶着黑暗机械龙从城楼上飞了下来，向菜问等人吐了一团邪火。然后张牙舞爪地扑了过来。菜问等人早有准备，以迅雷不及掩耳之势进入机甲装备，跟僵尸博士大战起来，可是，由于菜问他们总是单打独斗，除了菜问和小烛龙外，一个个都被黑暗机械龙甩进了岩浆里，小烛龙突然进化，将甩进岩浆里的同伴救出来。然后，一起合力将僵尸博士强化后的黑暗机械龙打得稀巴烂。菜问他们大获全胜，救出了被抓走的其他人。一起返回校园，把校园建得更加坚固美丽。