杂交稻种子生产比常规稻复杂，其生产环境、生产材料、生产技术均与常规不稻不同，所以杂交稻种本身有其典型的特点。　　杂交稻种子花粉来自不同亲本，颖亮颜色不均匀，有生理性杂色，多数品种尖紫红色，而杂交稻谷与常规稻谷籽粒颜色均匀，为金黄色。

杂交稻种子受粉结实后，柱头留在颖壳外，退化成一个黑点，其柱头退迹外露率一般50%以上，汕友10号可超过80%。杂交稻谷虽然也有柱头外露，但外露率低，一般20%以下，而常规稻谷由于自交结实柱头不外露。　　杂交稻种子通常情况下含有裂颖谷粒和黑粉病粒，有些年份某些品种同时还存在芽谷。裂颖谷也就好似人们常说的“开谷”。

杂交稻种子去壳后米粒腰中有凹陷，胚部瘪。而杂交稻种谷和常规稻谷米粒均匀，饱满。　　质量好的杂交稻种子除品种真实外还要有较高的种用价值，既纯度、净度、发芽率、水分均要达到标准。　　种子颜色灰暗，有虫蛀，有霉粒碎粒，有较多的芽谷或萌动芽则说明该批种子活力低，成苗率低，种用价值差。　　杂交稻种子谷粒长度、宽度较整齐，如果有明显不同形状的谷粒则可能混有父本或异品种，纯度差。　　用牙咬谷粒、坚硬、断面整齐，响声脆则种子干燥、易保管。如一咬即碎，断口不齐，响声下，则种子受潮，或晒种不标准，生命力不强，不易保管。