21世纪的农业生物技术工程及其产业化，要在各国政府的大力支持下将获得迅速发展。预计在本世纪初期即可成为许多国家经济的重要支柱产业之一。21世纪的农业生物技术的热点将突出表现在以下几个方面：

(1)对基因的争夺呈白热化：21世纪基因组的研究将由"结构基因组"向"功能基因组"转变。当今世界，谁最先了解基因的功能，谁就拥有了该基因的知识产权，也就获得了更多的利润。

(2)单基因生物性抗逆向持久性抗逆的转移：分子标记辅助选择育种可能实现多种基因的累加，培育出多抗或广谱的种质或品种。国际水稻所已通过分子标记辅助选择，将4种不同的抗稻瘟基因累加到同一水稻品种中，获得了广谱抗稻瘟病材料。

(3)生物性抗逆向非生物性抗逆的转移：农作物所处的非生物逆境包括干旱、盐渍、冷冻或高温、营养贫瘠、重金属胁迫、水灾、紫外线等。农作物基因工程已经在抗生物逆境(如抗虫)方面取得了相当成功;植物抗土壤营养逆境基因工程研究也取得一定成果，某些转基因农作物将在21世纪初进入商品化生产。重金属是一类严重的污染源，转基因植物在清除重金属污染物方面已经表现出一定的作用。土壤中缺乏一些植物生长必要的无机盐也是一种逆境，通过基因工程手段也可以使植物获得抵抗这种逆境的能力。

(4)目标性状的研究重点将从目前的"抗性"向"品质"转移：所谓的品质改良内容包括--水果蔬菜青藏的延熟保鲜;有益于健康的植物油;增加营养价值;富含抗癌蛋白质的大豆;高营养饲料等。

(5)利用转基因植物生产稀有蛋白等产品：植物生产反应器将是未来基因工程发展的另一个重要领域之一。利用植物生产口服疫苗、工业用酶、药物等成为人们关注的热点和工作重心。此外，通过基因工程方法可以用植物生产来制造生物塑料底物多羟基丁酸，从而最终避免目前所谓的"白色污染"问题。

(6)植物生物反应器研究的进度使农业这一外延大大拓宽，延伸到工业和医药领域。