DNA标记辅助选择育种是利用与重要经济性状连锁的DNA标记或功能基因来改良动物品种的现代分子育种技术；而转基因育种则是通过向受体动物转移有重要功能的基因或一组功能相关的基因来提高动物的生产性能的育种技术。DNA标记辅助选择对于遗传力低的性状如产仔数、肉质性状和屠体性状等，改良效率是传统育种方法的几倍、甚至几十倍。如果在进行育种选择时，DNA标记或功能基因覆盖了整个基因组并且达到一定的密度和遗传效应，则往往又称为动物基因组育种。DNA标记辅助选择技术不能创造变异，也不能够在不同物种间进行优良功能基因的转递，而转基因技术则能够达到这个目标，因此，这两种育种技术有很强的互补性，合称为分子育种技术，并将成为未来动物品种改良的关键技术。