上世纪50年代末至60年代初，水稻品种矮秆化和70年代籼型杂交稻的三系配套是现代水稻育种史上的两个重要里程碑。从遗传学的角度说，水稻育种史上的这两个突破，可简单归结为矮秆基因和野败胞质的利用。面对当今新的形势，水稻育种第三次突破口在哪里?10月18日，我国一批年青的水稻遗传育种科技人员群英汇集中国水稻研究所，参加水稻生物学国家重点实验室组织的“利用生物技术开发水稻育种新材料”国际水稻育种峰会。在这次水稻育种高峰会上，“基因设计育种”将成为第三次水稻育种的突破口这一新的观点的提出，引起与会国内外水稻育种专家的关注。

　　“基因设计育种”就是在水稻全基因组测序完成后，在主要农艺性状基因功能明确的基础上，通过有利基因的剪切、聚合，培育在产量、米质、抗性等多方面突破的超级稻新品种。中国水稻研究所所长程式华博士说，目前水稻品种的遗传基础单一，迫切需要加大投入研发。新的突破，一定要与基因技术相结合。我国第一、二次水稻育种上的突破带有一定的偶然性，而第三次突破就要主动进行基因设计育种。但基因在哪里，因此“基因设计育种”就显得很重要。

　　据了解，目前，中国水稻研究所正参与国家功能基因组计划的研究，主要承担水稻突变体的创制，主要农艺性状基因的功能分析。第一步，主要通过分子标记技术或转基因技术，聚合或转移有利性状，培育超级稻新品种，主要在产量或抗性或米质上突破。

　　水稻生物学国家重点实验室孙宗修研究员说，常规育种要有新的技术平台，生物技术需要载体，才能显示其强大生命力，“基因设计育种”或许就是两者的结合点。“基因设计育种”是一个系统工程，需要精密设计，精诚合作，精确试验，保证出一批突破性成果。他说，“基因设计育种”要注意避免转基因可能存在的一些负面效应。比如，会不会影响生物多样性，如何确保环境安全，确保粮食的安全性。因此，任务很重，困难很大。

　　水稻生物学国家重点实验室钱前博士说，当前水稻生产需要在种子创新上突破。目前水稻第三次突破的技术日趋成熟，我国水稻全基因组测序已完成，目前正投入功能基因组研究。

　　“基因设计育种”会不会成为我国水稻育种史上的第三次突破口，我国水稻育种专家为此正在研讨，并将通过各种试验加以论证。但不管怎么说，初步确定水稻第三次突破有一个突破口方向是这次国际研讨会一个重要的成果。这次会议之所以引人关注，也在于会议主题的重要性，也是中国水稻所水稻生物学农业部重点实验室成为国家重点实验室之后召开的第一次国际水稻研究会议。日本、埃及等国家的水稻育种专家，中科院院士、中国科学院遗传与发育生物学研究所所长李家洋等一批年青水稻科学家参加了研讨，各自发表了有见地的论文和观点。