生态区保护策略是上个世纪九十年代后期出现的一种保护理论，英文是Ecoregion-based Conservation，直译成中文是以生态区为单位的保护，或基于生态区的保护。它是在90年代中期由美国野生生物基金会的保护科学项目(Conservation Science Program)提出的。

自从生态区保护策略问世以来，立即引起了广泛的注意和争论，在基金会内部和国际保护界产生了相当大的影响，其本身也在实践和争论中不断发展完善。1998年1月，世界野生生物美国基金会在华盛顿召开了一个生态区保护策略研讨会，参加会议的120位资深工作人员代表了基金会几乎所有的项目办公室、世界自然基金会总部、美国基金会和数个其它国家的办事处。研讨会对生态区保护策略进行了深入的讨论，确定了生态区保护策略的基本框架和工作原则，对在全球实行实施执行生态区保护策略达成共识。换句话说，世界自然基金会正式接受了生态区保护策略，决定把它作为今后的工作方向。

生态区保护策略的主要特征，就是在更大的空间和时间尺度上进行保护。通过过去几十年的保护实践，人们逐渐认识到过去的工作规模太小，不能适应生物多样性保护的要求，生态区保护策略应运而生。它是人们在解决生物多样性保护所需最佳规模的问题上，在观念、规划和行动方面的进步。全球200佳使世界的注意力集中到了这些蕴藏着异常丰富的生物多样性资源的生态区，生态区保护策略则为我们提供了保护这项资源的手段。

生态区保护战略使得世界自然基金会，在继续关注局部生物多样性问题和社会经济因素的同时，采取规模更大更全面的生物多样性保护措施，来更好地处理造成生物多样性丧失的表面问题和根本问题，在合适的层次上制定恰当的政策和管理措施，如国际贸易政策、保护区管理或者社区发展项目等等。而且，它还可以使世界自然基金会把地区水平上的工作，与需要在国家和国际水平上进行的工作结合起来，把野外工作与政策更好地结合起来，并在这些工作中建立起新的伙伴关系。从目前生态区保护策略的发展趋势看，它成为自然保护的主流已成定局，剩下的只是时间问题。世界自然基金会已经把生态区保护策略与濒危物种、森林、湿地并列起来，作为今后的中心工作。今后的工作，都将围绕着生态区展开。

在美国自然基金会的资助下，世界自然基金会北京办事处是从1998年开始在长江上游森林生态区(原名西南温带森林生态区)开展生态区保护策略工作的。第一步工作是聘请国家林业局经济发展研究中心对生态区的生物资源和社会经济方面的基本资料进行了踏查，1998年5月提交了踏查报告。接着又聘请顾芳(音译)小姐对踏查报告进行了修改。以后工作停滞了一段时间，直到1999年11月聘任了生态区协调员后，工作才继续开展起来。已经进行的工作内容有：大力在国内介绍生保策略的知识;划定生态区和各亚区的边界;选择各亚区的核心物种、突出生物特征和优先地区;成立专家工作组;收集有关生态区、各亚区、核心物种和优先地区的资料;绘制生态区地图;数据分析等。今后将在进一步收集分析资料和数据的基础上，筹备召开生物评估研讨会，在生态区制定生物多样性展望。